Dans la saison 2,Peyton souffre beaucoup du départ de Jake même si elle n'en dit rien. Pourtant, Lucas s'en rend compte et demande à Jake de revenir à Tree Hill. Jack fait son retour avec Jenny, il retourne vivre chez Peyton. Peyton et Jake entament une histoire tous les deux mais Nicki revient encore une fois. Jake est envoyé en prison tandis que Nicki s'enfuit avec sa fille. Peyton vient voir Jake en prison et lui dit qu'elle l'aime. Mais quand Jake sort de prison, il vient la voir et lui dit de l'oublier car il doit partir chercher sa fille.
Dans la saison 3,Peyton va rejoindre Jack a Savannah car elle croit qu'il est fait pour elle. Lorsque Jenny appelle Peyton maman, celle-ci troublée dit à Jack qu'elle veut rester vivre ici avec eux et demande Jack en mariage. Il accepte mais le couple cassera quand il entend Peyton dire "Je t'aime Lucas" dans son sommeil. Quand elle comprend qu'elle aime encore Lucas, Jack et elle décident de rester simplement amis.
